TokuDB 使用问题汇总

By | 2019-02-19

简单介绍

TokuDB 引擎提供很好的压缩比(笔者环境中的数据在默认的 zlib 设置下压缩比大致为 InnoDB:TokuDB ~= 5:1), 以及快速增加, 删除, 重命名列, 热更索引等特性, 这些特性很适合日志记录类的表来使用, 该类表可以仅做主从复制, 不做定期的备份. 如果需要备份可以参考 AliSQLBackup, 其基于 xtrabackup-2.3.5版本, 可以同时备份 InnoDB 和 TokuDB 引擎的表. 另外innodb_buffer_pool_sizetokudb_cache_size 两个参数的值需要按需分配, 如果没有多少 InnoDB 表, 最好调小 innodb_buffer_pool_size 的值.

更多基础的特性说明可以参考以前的文章: TokuDB 使用简单说明. 下述的问题列表则主要介绍在使用 TokuDB 的过程中碰到的一些问题, 后期碰到的问题也会在该列表中持续更新.

问题列表

  • 修改分区表耗时长问题处理
  • 转换 InnoDB 大表到 TokuDB 崩溃问题
  • 修改 tokudb_data_dir 参数出现不能找到文件错误
  • temp 锁占用不能启动问题

修改分区表耗时长问题处理

详见 tokudb-修改分区表耗时长问题处理

转换 InnoDB 大表到 TokuDB 崩溃问题

在将一个 80G 的 InnoDB 表转为 TokuDB 的时候出现以下错误, 数据库进程也崩溃退出:

Feb 18 12:25:56 db1 mysqld-3328: /mnt/workspace/percona-server-5.6-binaries-release/label_exp/centos6-64/percona-server-5.6.38-83.0/storage/tokudb/PerconaFT/src/load
er.cc:471 toku_loader_abort: Assertion `r == 0' failed (errno=28) (r=28)
Feb 18 12:25:56 db1 mysqld-3328: : No space left on device
Feb 18 12:25:56 db1 mysqld-3328: Backtrace: (Note: toku_do_assert=0x0x7fb7404daa10)
Feb 18 12:25:56 db1 mysqld-3328: /opt/Percona-Server-5.6.38-rel83.0-Linux.x86_64.ssl101/lib/mysql/plugin/ha_tokudb.so(_Z19db_env_do_backtraceP8_IO_FILE+0x1b)[0x7fb7404d3adb]
...

从上面的错误来看是因为磁盘空间不足而引起的, 修改表的时候需要保存一些临时文件到 MySQL 的 tmpdir 指定的目录中, 上面的实例中 tokudb_tmp_dir 的值为 /dev/shm, 使用了 tmpfs 来存储临时的文件. 该系统下 /dev/shm 的可用空间仅有 32G, 如下所示:

# df -hl /dev/shm
Filesystem      Size  Used Avail Use% Mounted on
tmpfs           32G   16G   83G  50% /dev/shm

这也就说明了临时文件的大小超过了 /dev/shm 设置的容量. 如下所示为修改表的过程中 /dev/shm 中产生的临时文件:

# ls -hl /dev/shm/ | less
total 18G
-rw------- 1 mysql mysql    0 Feb 18 10:15 __tokudb_lock_dont_delete_me_temp
-rw------- 1 mysql mysql 1.1M Feb 18 13:10 tokuld00TjtL
-rw------- 1 mysql mysql 1.3M Feb 18 13:24 tokuld022Xnh
-rw------- 1 mysql mysql 1.2M Feb 18 13:13 tokuld028HPP
......

解决该问题可以使用下面两种方式中的一种:

临时增大 /dev/shm 设备的大小

可以临时增大设备大小, 更改完成后再改为 32G 即可. 该设备的最大有效大小受 kernel.shmmax 参数控制. 默认为系统内存的大小.

mount -o remount,size=64G,noatime /dev/shm

修改 tokudb_tmp_dir 参数路径信息, 重启实例

也可以修改 tmpdir 的路径, 确保有足够的大小, 更改完成后再修改回来.

修改 tokudb_data_dir 参数出现不能找到文件错误

在设置完 tokudb 参数后, 所有创建的表都通过 tokudb.directory 保存对应的映射关系, 如下所示:

mysql root@[localhost:s3340 information_schema] > select dictionary_name, internal_file_name, table_name from TokuDB_file_map; 
+---------------------------+------------------------------------------------------------------------------------+------------+
| dictionary_name           | internal_file_name                                                                 | table_name |
+---------------------------+------------------------------------------------------------------------------------+------------+
| ./percona/user-key-idx_id | /export/mysql/node3340/data/tokudb_data/_percona_user_key_idx_id_6_3_1d_B_0.tokudb | user       |
| ./percona/user-main       | /export/mysql/node3340/data/tokudb_data/_percona_user_main_4_2_1d.tokudb           | user       |
| ./percona/user-status     | /export/mysql/node3340/data/tokudb_data/_percona_user_status_4_1_1d.tokudb         | user       |
+---------------------------+------------------------------------------------------------------------------------+------------+
.....

这种绝对路径的映射关系是固定的不可修改的. 这种方式意味着我们在做备份恢复的时候不能修改 tokudb_data_dir 参数值, 对应的绝对路径也不能修改. 如下所示, 在更改 tokudb_data_dir 为不同的路径后, 查询表出现以下错误, 因为映射关系对应不上:

ERROR 1017 (HY000): Can't find file 'xxxxx'

这点限制没有 InnoDB 方便, 也带来了很多不便, 比如我们想更换实例端口, 变更目录等都不可行, 除非 tokudb_data_dir 指定为相对路径的目录, 变更起来就很方便, 如下所示:

tokudb_data_dir = tokudb_data

这种参数即为相对目录, 具体的路径则为 $mysql_datadir/tokudb_data, 查看映射关系如下:

mysql root@[localhost:s3342 information_schema] > select * from TokuDB_file_map;
+----------------------------+-----------------------------------------------------+--------------+------------+-----------------------+
| dictionary_name            | internal_file_name                                  | table_schema | table_name | table_dictionary_name |
+----------------------------+-----------------------------------------------------+--------------+------------+-----------------------+
| ./percona/user_find-main   | tokudb_data/_percona_user_find_main_4_2_1d.tokudb   | percona      | user_find  | main                  |
| ./percona/user_find-status | tokudb_data/_percona_user_find_status_4_1_1d.tokudb | percona      | user_find  | status                |
+----------------------------+-----------------------------------------------------+--------------+------------+-----------------------+

temp 锁占用不能启动问题

在一台主机上运行多个 TokuDB 实例的时候, 出现了以下错误:

Feb 18 14:22:27 dbinfo8 mysqld-3342: 2019-02-19 14:22:27 7f2b6dff9700 InnoDB: Loading buffer pool(s) from .//ib_buffer_pool
Feb 18 14:22:27 dbinfo8 mysqld-3342: Couldn't start tokuft because some other tokuft process is using the same directory [/dev/shm] for [temp]
Feb 18 14:22:27 dbinfo8 mysqld-3342: 2019-02-19 14:22:27 37280 [ERROR] TokuDB unknown error 11
Feb 18 14:22:27 dbinfo8 mysqld-3342: 2019-02-19 14:22:27 37280 [ERROR] Plugin 'TokuDB' init function returned error.
Feb 18 14:22:27 dbinfo8 mysqld-3342: 2019-02-19 14:22:27 37280 [ERROR] Plugin 'TokuDB' registration as a STORAGE ENGINE failed.

/dev/shm 目录中仅包含一个文件/dev/shm/__tokudb_lock_dont_delete_me_temp, 使用 lsof 查看使用的进程如下:

# lsof /dev/shm/__tokudb_lock_dont_delete_me_temp    
COMMAND   PID  USER   FD   TYPE DEVICE SIZE/OFF     NODE NAME
mysqld  35338 mysql   15uW  REG   0,19        0 11786530 /dev/shm/__tokudb_lock_dont_delete_me_temp

可以看到已经有进程占用了 __tokudb_lock_dont_delete_me_temp, 该文件用来保护 TokuDB 的临时文件, 避免多个进程并发访问的时候操作同一临时目录的文件. 由此来看出现错误的原因是另一个 TokuDB 实例的 tmp 目录设置的也是 /dev/shm, 将 tokudb_tmp_dir 修改掉即可解决该问题. 该参数留空的话则 __tokudb_lock_dont_delete_me_temp 会存放到 tokudb_data_dir 的目录中.

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